Kính hiển vi quang học sử dụng ánh sáng khả kiến để quan sát mẫu. Do kích thước của virus rất nhỏ nên thường cần phải sử dụng kính hiển vi có độ phóng đại cao hơn để quan sát chúng. Tuy nhiên, do kích thước của virus gần bằng hoặc thậm chí nhỏ hơn bước sóng của ánh sáng khả kiến nên điều này hạn chế độ phân giải quan sát trực tiếp virus qua kính hiển vi quang học. Vì vậy, để quan sát virus chi tiết hơn, người ta thường phải sử dụng kính hiển vi điện tử.
Kính hiển vi điện tử sử dụng chùm tia điện tử thay vì chùm ánh sáng và có thể đạt được độ phân giải cao hơn kính hiển vi quang học. Kính hiển vi điện tử có thể cung cấp mức độ phóng đại và độ phân giải cao hơn của các chi tiết virus, cho phép các nhà khoa học nghiên cứu cấu trúc và đặc tính của virus một cách chi tiết hơn.
Mức độ phóng đại cần thiết để xem vi-rút phụ thuộc vào kích thước của vi-rút và mức độ chi tiết cần thiết. Vì virus thường có kích thước ở kích thước nano nên thường cần phải sử dụng kính hiển vi có độ phóng đại cao hơn để quan sát chúng.
Kính hiển vi ánh sáng thường cung cấp độ phóng đại từ 1000x đến 2000x. Độ phóng đại này đủ để quan sát một số loại virus lớn hơn, chẳng hạn như virus DNA lớn.
Tuy nhiên, đối với những virus nhỏ hơn hoặc khi cần chi tiết có độ phân giải cao hơn thì sử dụng kính hiển vi điện tử. Kính hiển vi điện tử có thể cung cấp độ phóng đại cao hơn, thường đạt tới 100,{1}} lần hoặc hơn. Độ phóng đại cao này có thể cung cấp cái nhìn chi tiết hơn về cấu trúc và đặc điểm của virus.
Điều quan trọng cần lưu ý là độ phóng đại không phải là yếu tố duy nhất ảnh hưởng đến việc quan sát virus. Độ phân giải cũng là yếu tố quan trọng, quyết định kích thước của chi tiết nhỏ nhất mà kính hiển vi có thể phân giải được. Đối với những virus nhỏ hơn, cần có kính hiển vi có độ phân giải cao hơn để thu được các chi tiết tốt hơn.